契約書になじみが薄い方の中には、十分な理解が行き届いていないケースが多いのですが、契約書（合意書）というのは、一定のケースが発生した場合に、一定の権利義務関係を拘束することを合意して証拠化する作業なのです。
前者を法律要件、後者を法律効果と呼びます。
「請求時に協議する」という内容では、結局請求しても強制できるような効果が何も発生しない（＝これをもって強制執行できない）のですから、結局は何も合意していないのと同じことです。
契約書の作成はよく弁護士と相談しながら進めることをお薦めします。

契約というのは、当事者双方の合意事項ですから、お互いがこれでよいと同意すれば、原則として内容は自由です。
しかしながら、実際にはその取引における双方の「力関係」などにより無理を言える場合や、反対に無理を飲まなければならない場合などがあるのが実情です。
力関係が弱いわけではないのに一方的な契約条項案を提示された場合には、「うちはいつもこのような内容でお願いしているのですが」と自社のひな形を提示し、それが認められない場合には、相手方提示の条項案から具体的に逐一検討して譲歩を引き出すようにしましょう。

償却の額が合理的な範囲であれば有効です。
もっとも、償却の定めは民法上、損害賠償の定め（民法４２０条）に当たるので、契約終了時に、実際にはそれ以上の損害があったとしても、上乗せして請求することは困難になってしまいます。

契約書においては、自社がどのように拘束されるのか、相手をどのように拘束できるのかなどを意識した規定にする必要があります。そして、相手との力関係にもよりますが、自社が不当に不利な立場にならないよう注意しなければならないことは当然です。
契約の効力がいつまで続くのか、途中で取引を止めたいときにペナルティーはあるのかといったところから、取引先が遠方の場合、紛争時の管轄裁判所を拘束されないかなど、チェックしなければならない事項は多岐にわたります。

契約時に更新の条件などを定めていない限り、時期や方法に特別な定めはありません。
以後の争いを避けるために、１ヶ月前頃までには、文書で契約を更新しない旨を伝えるのが通常でしょう。